Нельсон не обманулся в своей надежде. «Я очень хорошо знал, — говорил он несколько месяцев спустя, — что атаковать авангард и центр французской эскадры с ветром, дующим по направлению ее линии, я мог по произволу сосредотачивать мои силы против малого числа ее кораблей. Вот почему мы имели в бою, превосходные против неприятеля силы».
Французский авангард уступает первым. «Конкеран» на 400 человек экипажа имеет 200 убитых и раненых. Командир корабля «Аквилон» умер от ран на шканцах; командир корабля «Спарсиат» получил две раны. Оба эти корабля потеряли 150 человек убитыми и 360 ранеными. «Геррье» потерял все мачты; «Пёпль-Суверен» обрубил канаты и оставил перед кораблем «Франклин» пагубный интервал, который и занят был кораблем «Леандр». Центр, приведенный в беспорядок пожаром корабля «л'Ориен», рассеян и разбит. Восход солнца застал корабли «Меркурий» и «л'Эрё» стоящими на мели в глубине залива: близость к «л'Ориену» заставила их выйти из линии. «Тоннан», «Гильом-Телль», «Женерё» и «Тимолеон» одни видны на месте битвы; но «Тезей» и «Голиаф», уже не занятые французским авангардом, приходят на помощь кораблям «Меджестик» и «Александр», и другие английские корабли готовятся последовать их примеру. Вилльнёв снимается с якоря в одиннадцать часов утра с остатками французской эскадры; в этот момент англичане уже овладели кораблями «л'Эрё» и «Меркурий», но «Тоннан» и «Тимолеон» еще не сдаются. Без мачт, потеряв своего капитана, «мужественный «Тоннан», как его называет Декре, лишился уже 110 человек убитыми и 150 ранеными. Ночью он сражался на расстоянии ружейного выстрела последовательно с тремя кораблями: «Меджестик», капитан которого убит пулей, «Александр» и «Свифтшур». Флаг еще развевается на остатке грот-мачты, и он спускает его не прежде, как через двадцать четыре часа, когда на него нападают, в свою очередь, «Тезей» и «Леандр». «Тимолеон» был слишком избит, чтобы иметь возможность следовать движению Вилльнёва, и его утащило к берегу. «Гильом Телль», «Женерё» и фрегаты «Диана» и «Жюстис» одни успевают избегнуть этого поражения, самого полного из всех, какие когда-либо терпел французский флот.
Из 13 кораблей и 4 фрегатов, атакованных Нельсоном в Абукирском заливе, 9 кораблей досталось в руки англичан{34}; «л'Ориен» взорвало, «Тимолеон» и фрегат «Артемиза», севшие на берег, были сожжены своими командами, а фрегат «Серьёз» был потоплен кораблем «Орион». Избитые корабли англичан не могли воспротивиться уходу Вилльнёва. «Гильом-Телль», «Диана» и «Жюстис» достигли Мальты, а «Женерё», взяв около Кандии 50-пушечный корабль «Леандр», посланный в Англию с известием об Абукирской победе, успел укрыться в Корфу.
Таков был результат сражения, следствия которого были неисчислимы. Это был страшный удар морским силам Франции.