В официальной биографии Сержа Саргсяна говорится, что он «в 1989-1993 годах руководил Комитетом сил самообороны Нагорно-Карабахской Республики». Взятая в кавычки часть спорна, если не сказать, что она не отражает действительность. Во-первых, в Арцахе никогда не было структуры «Комитет сил самообороны НКР». Нет документа, на котором было бы написано «Комитет сил самообороны НКР». В Арцахе была Армия самообороны, первым командиром которой стал Аркадий Карапетян, известный в народе как Дашнак Аго.
В конце 1991-ого в Арцахе прошли парламентские выборы, по результатам которых, председателем Верховного совета непризнанной страны был избран Артур Мкртчян из «Дашнакцутюн». Поста президента в Арцахе не было, поэтому Мкртчян был фактическим главой страны.
Это, несомненно, не могло удовлетворить избранного в Армении президентом Левона Тер-Петросяна. Он, имевший глубокие идеологические разногласия с «Дашнакцутюн», продвигал в Арцахе двух лидеров местной сети Армянского общенационального движения Роберта Кочаряна и Сержа Саргсяна.
В январе 1992 года сформировалось правительство Арцаха. В составе правительства первого премьера Олега Есаяна Сержа Саргсяна назначили руководителем Комитета обороны. Если под «Комитетом сил самообороны НКР» в официальной биографии Сержа Саргсяна имеется в виду данный пост, в таком случае занимал он его не в 1989-1993гг., а всего 7 месяцев – с января по август 1992г.
10 августа 1992 года в Арцахе распустили правительство, вместо него через несколько дней был создан местный Госкомитет обороны Арцаха, которым руководил Роберт Кочарян. В этом органе из 7 человек Серж Саргсян был назначен министром армии, а Самвел Бабаян – командиром армии. Всем известно, что фактическим командиром сил самообороны был Самвел Бабаян. Более того, отношения между Бабаяном и Саргсяном были не лучшие, и когда в августе 1993г. Левон Тер-Петросян пригласил Саргсяна в Армению на должность министра обороны, Саргсян прибыл не из Степанакерта, а из Москвы, где провел несколько месяцев.