1 сентября 1998 года арестован по подозрению в получении взятки в крупном размере (520 тыс. долларов) за совершение незаконных действий в пользу коммерческого банка «Эскадо»
[1]. 21 октября 1998 года был снят с должности первого заместителя министра финансов распоряжением председателя правительства
Евгения Примакова.
Газета «
Завтра» негативно оценила арест Петрова, заявив, что он — «почти единственный русский, патриотически настроенный финансист, рассматривался как возможный министр финансов в коалиционном правительстве
Черномырдина», «удар по Петрову — это удар по русскому, патриотическому фрагменту в Минфине», «чистка Минфина от московских министерских кабинетов до областных и уездных структур полностью дезорганизует все управление финансами России в интересах стратегических врагов страны». По мнению газеты, «в либеральных СМИ организована травля» Петрова, а арест мог быть инспирирован
Борисом Березовским[2].
Около трёхсот сотрудников Минфина подписали письмо с просьбой смягчить Петрову меру пресечения и выражением надежды, что следствие «объективно разберётся в этом деле»
[2] Несколько десятков губернаторов обратились в Генеральную прокуратуру с просьбой освободить Петрова из-под стражи
[3].
В апреле 1999 года Петров был освобождён под подписку о невыезде. Осенью 2001 года уголовное дело против Петрова было прекращено «по истечении срока давности». В декабре 2001 года было отменено решение об отстранении от должности первого заместителя министра финансов.
25 декабря 2001 года избран в
Совет Федерации от
Законодательного собрания Тверской области. Стал членом Комитета по бюджету, членом Комиссии по методологии реализации конституционных полномочий. В январе 2002 года Петров был освобождён от должности заместителя министра финансов в связи с назначением в Совет Федерации. 17 марта 2006 года депутаты Законодательного собрания Тверской области 4-го созыва вновь избрали Петрова представителем в Совете Федерации (24 голоса «за», 3 «против» и 1 воздержавшийся)
[4].
