11 марта 2006 Совет муфтиев России сделал заявление, в котором выступил против введения в Вооружённых силах РФ института штатных полковых священников и введения предмета «Основы православной культуры» в программу средних школ страны. Совет муфтиев подверг критике подготовленный в Главной военной прокуратуре законопроект «О военных священниках» как «противоречащий Основному закону РФ». В заявлении говорится: «Попытка грубого „продавливания“ введения института священников в армии чревата тяжелейшими последствиями для судеб поликонфессиональной по своему составу российской армии, общества в целом… Нашу тревогу разделяют все, кроме РПЦ, представители религиозных направлений, в том числе христианские».
Что касается введения «Основ православной культуры» в программу средних школ, то «подобная практика будет нарушением положений Конституции РФ и законов, касающихся равенства религий перед лицом государства…, проявлением государственной политики в сфере образования и первым шагом к проявлению признаков становления „православного“ государства… обучение детей в стенах государственной школы основам только одной религиозной традиции может привести к пропаганде превосходства одной религии над другой, дискриминации граждан и детей по их религиозной принадлежности, к расколу внутри нашего общества».