Вероятно наиболее известная морская операция, в которой принимали участие Ил-2 было затопление немецкого крейсера ПВО «Ниобе» в Котке летом 1944 г. Первую атаку предприняли 8 июля, но она закончилась неудачей. Вторая была подготовлена более тщательно, а к ее выполнению привлекли 132 самолета, в том числе 23 Ил-2 из 47 ШАП. заданием которых было подавление огня зенитной артиллерии порта. Это задание, надо думать, было успешно выполнено, о чем говорит факт, что на базы не вернулось только 4 самолета, в том числе 1 Ил-2. (Финская ПВО заявила о том, что сбила 6 самолетов)
Ил-2 служили и в ВВС Северного Флота (ВВС Сев.Фл.), когда в июле 1943 г. переведенный из ВВС Балт.Фл. 46 ШАП сыграл ведущую роль в уничтожении немецкою каботажного плавания. Уже 7 июня экипажи полка послали на дно одно судно и повредили другое, а 23 июня - в тяжелом бою с 12 военными судами и группой Ме-110 из 13(Z)/JG5, четыре Ил-2 под охраной 16 истребителей потопили очередное судно и 2 малых корабля охранения без потерь со своей стороны. Без сомнения самым результативным пилотом ВВС Сев.Фл. был капитан СССР САГуляев служивший в 46 ШАП из 14-й ШАД, который в период с марта 1943 по май 1944 г. потопил 5 судов, выполнив едва ... 15 боевых вылетов!
Ил-2 так же активно использовался в ВВС Черноморского Флота (Ч.Фл.) с 1943 г., хотя и меньшей степени, чем на севере Советского Союза. Этот флот располагал только одной штурмовой дивизией двухполкового состава - 11 ШАД в составе 8 Гв.ШАП и 47 ШАП. (В 1944 г. дивизия была усилена 23 ШАП) В этом втором полку, в третьей эскадрилье с конца 1943 г. существовала группа не менее чем из 6 Ил-2 с 37 мм пушками, под командованием лейтенанта Акаева. Эти Илы принимали участие в неудачном боевом вылете 13 марта 1944 г. и хотя выполнили задание, но результаты были минимальными. Даже небольшие боевые корабли или баржи оказались слишком мелкими и слишком подвижными, для того что бы они могли в них уверенно попасть. Тем не менее уже в апреле 1944 г. воспользовавшись благоприятными обстоятельствами, этот же полк заявил о потоплении 8 военных, а так же 12 вспомогательных судов и барж.