началом войны в 1939 вице-король Индии, лорд Литлингоу, объявил войну Германии без консультаций с индусами. Это заставило представителей Индийского национального конгресса, занявших посты в провинциях, в знак протеста подать в отставку. В то же время Мусульманская лига поддержала британские военные усилия. Британское правительство пыталось привлечь индусов — националистов к поддержке Британии в обмен на обещания независимости в будущем, однако переговоры с Конгрессом провалились.
В августе 1942 Махатма Ганди начал кампанию гражданского неповиновения «Оставьте Индию», требуя немедленного вывода всех британцев. Вместе с другими лидерами Конгресса Ганди был немедленно заключён в тюрьму, и страна взорвалась от беспорядков, сначала студенческих, а затем и от беспорядков в деревнях, особенно в Соединённых Провинциях, Бихаре и Западной Бенгалии. Наличие в Индии многочисленных по военному времени войск позволило подавить беспорядки в 6 недель, однако некоторые их участники сформировали подпольное временное правительство на границе с Непалом. В других частях Индии беспорядки вспыхивали спорадически летом 1943.
Из-за ареста практически всех лидеров Конгресса значительное влияние перешло к Субхасу Босу, покинувшему Конгресс в 1939 из-за разногласий. Бос начал сотрудничать со странами Оси, стремясь освободить Индию от британцев силой. При поддержке японцев он сформировал так называемую Индийскую Национальную Армию, набранную в основном из индийских военнопленных, захваченных при падении Сингапура. Японцы основали в оккупированных странах ряд марионеточных правительств, в частности, сделав Боса лидером Временного правительства Азад Хинда («Свободной Индии»). Индийская Национальная Армия капитулировала при освобождении Сингапура от японцев, а сам Бос вскоре погиб в авиакатастрофе. В конце 1945 года прошли суды над солдатами ИНА, которые, однако, вызвали в Индии массовые беспорядки.
В январе 1946 произошла серия мятежей в армии, начавшаяся с мятежа индусов, служивших в Королевских ВВС, и недовольных слишком медленной репатриацией. В феврале 1946 произошёл также мятеж в Королевском ВМФ в Бомбее, и затем другие мятежи в Калькутте, Мадрасе и Карачи.
Также в начале 1946 прошли новые выборы, на которых Конгресс победил в 8 из 11 провинций. Между ИНК и Мусульманской лигой начались переговоры о разделе Индии. 16 августа 1946 мусульмане объявили День Прямого Действия с требованием создания в Британской Индии исламского национального очага. На следующий день в Калькутте начались столкновения между индусами и мусульманами, быстро распространившиеся по всей Индии. В сентябре было назначено новое правительство, в котором премьер-министром стал индус Джавахарлал Неру.
Лейбористское правительство Британии осознало, что страна, истощённая Второй мировой войной, более не имеет ни международной поддержки, ни поддержки местных сил, чтобы далее удерживать власть над Индией, погружающейся в пропасть межобщинных беспорядков. В начале 1947 Британия объявила о намерении вывести свои силы из Индии не позднее июня 1948.
С приближением независимости, столкновения между индусами и мусульманами продолжили обостряться. Новый вице-король, лорд Маунтбеттен, предложил разработать план раздела. В июне 1947 представители Конгресса, мусульман, общины неприкасаемых, и сикхов согласились на раздел Британской Индии по религиозному принципу. Области с преимущественно индуистским и сикхским населением отходили к новой Индии, с преимущественно мусульманским — к новой стране, Пакистану.
14 августа 1947 года был основан Доминион Пакистан, в котором лидер мусульман был назначен генерал-губернатором. На следующий день, 15 августа, Индия была объявлена независимым государством.