В
1478 году Фердинанд и Изабелла утвердили церковный суд —
инквизицию, предназначенную охранять чистоту католической веры. Началось преследование евреев, мусульман, а позже протестантов. Несколько тысяч подозреваемых в ереси прошли через пытки и закончили жизнь на кострах (
аутодафе — первоначально оглашение, а затем и приведение приговора в исполнение, в частности, публичное сожжение на костре). В
1492 году глава инквизиции доминиканский священник Томазо
Торквемада убедил Фердинанда и Изабеллу преследовать по всей стране не обращенных в христианство людей. Основным объектом преследований он сделал
марранов и
морисков — мусульман и евреев, недавно принявших христианство, обвинявшихся в тайном отправлении запрещенных культов
[17]. Многие евреи вынуждены были бежать из Испании, они отправлялись в Португалию, Италию и Северную Африку. В
1492 году многочисленные евреи (165 000) формально были окончательно
изгнаны из государства[18].
Чтобы положить конец правонарушениям со стороны дворянства, восстановлено было древнее городское
братство Германдад («Святая Эрмандада»). Высшие должности перешли в распоряжение короля; высшее духовенство было подчинено королевской юрисдикции; Фердинанд был избран великим магистром трёх рыцарских орденов, что превратило их в послушные орудия короны;
инквизиция помогала правительству удерживать в повиновении дворянство и народ. Администрация была реорганизована, королевские доходы увеличены часть их шла на поощрение наук и искусств. Отменены были также издавна укоренившиеся т. н. «дурные обычаи», выражавшиеся в узаконенном произволе дворян над крестьянством («право первой ночи» и т. п.).
).